Əgər müəssisə malların(xidmətlərin, işlərin) idxalı və ya ixracı ilə məşğuldursa, o zaman, müəssisə gömrük ödənişləri etməli olacaqdır.
Gömrük ödənişləri — müəyyən olunmuş qaydada Azərbaycan Respublikası gömrük orqanları tərəfindən alınan gömrük rüsumları, vergilər, gömrük yığımları, hüquqi və fiziki şəxslərə gömrük fəaliyyəti üçün lisenziyaların verilməsinə görə alınan dövlət rüsumu, haqqlar və digər ödənişlər.
Gömrük Məcəlləsi və Azərbaycan Respublikasının digər qanunvericilik aktları ilə müəyyən edilmiş hallarda aşağıdakı gömrük ödənişləri alınır:
gömrük rüsumu; AR GM Maddə 109 : Azərbaycan Respublikasının gömrük sərhədindən keçirilən mallar üçün «Gömrük tarifi haqqında» Azərbaycan Respublikasının Qanununa uyğun olaraq gömrük rüsumu ödənilir.
əlavə dəyər vergisi; AR GM Maddə 110 : Azərbaycan Respublikasının gömrük ərazisinə gətirilən və bu ərazidən aparılan mallara əlavə dəyər vergisinin tətbiqi Azərbaycan Respublikasının Vergi Məcəlləsinə uyğun həyata keçirilir.
aksizlər; AR GM Maddə 111 : Azərbaycan Respublikasının gömrük ərazisinə gətirilən və bu ərazidən aparılan mallara aksizlərin tətbiqi Azərbaycan Respublikasının Vergi Məcəlləsinə uyğun həyata keçirilir.
yol vergisi; AR GM Maddə 111-1 : Xarici dövlətlərin avtonəqliyyat vasitələrindən yol vergisinin tutulması həmin avtonəqliyyat vasitələri Azərbaycan Respublikasının gömrük ərazisinə daxil olan zaman Gömrük Məcəlləsinə və vergi qanunvericiliyinə uyğun həyata keçirilir.
Azərbaycan Respublikasının gömrük işini aparan icra hakimiyyəti orqanı tərəfindən lisenziyaların verilməsi və lisenziyaların fəaliyyətinin bərpa edilməsinə görə dövlət rüsumu;
gömrük rəsmiləşdirilməsi üzrə mütəxəssislərə ixtisas attestatlarının verilməsi və attestatların fəaliyyətinin bərpa edilməsinə görə yığımlar;
gömrük rəsmiləşdirilməsinə görə gömrük yığımları; AR GM Maddə 112 : Mal qismində Azərbaycan Respublikası gömrük sərhədindən keçirilən nəqliyyat vasitələri də daxil olmaqla malların, o cümlədən müşayiət olunmayan baqajda, beynəlxalq poçt göndərişlərində keçirilən kommersiya məqsədləri üçün nəzərdə tutulmayan malların və yüklərin, həmçinin nəqliyyat vasitələrinin gömrük rəsmiləşdirilməsinə görə Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə müəyyən edilmiş miqdarda gömrük yığımları alınır.
Malların və nəqliyyat vasitələrinin Azərbaycan Respublikası gömrük orqanlarının iş vaxtından kənar vaxtda və müəyyən edilmiş yerdən kənarda gömrük rəsmiləşdirilməsinə görə gömrük yığımları iki qat miqdarda alınır.
malların saxlancına görə gömrük yığımları; AR GM Maddə 113 : Gömrük anbarlarında və sahibi Azərbaycan Respublikası gömrük orqanları olan müvəqqəti saxlanc anbarlarında malların və nəqliyyat vasitələrinin saxlancına görə göstərilən xidmətlərin orta dəyərindən asılı olaraq Azərbaycan Respublikasının müvafiq icra hakimiyyəti orqanının müəyyən etdiyi miqdarda gömrük yığımları alınır.
malların gömrük müşayiətinə görə gömrük yığımları;
məlumatlandırma və məsləhətverməyə görə haqq;
ilkin qərarların qəbuluna görə haqq;
gömrük auksionlarında iştirak etməyə görə haqq;
beynəlxalq avtomobil daşımalarını yerinə yetirən xarici ölkələrin nəqliyyat vasitələrinə sərhəddə "İcazə" blanklarının verilməsinə görə dövlət rüsumu; AR GM Maddə 111-2 : Beynəlxalq avtomobil daşımalarını yerinə yetirən xarici ölkələrin nəqliyyat vasitələrindən tutulan rüsumun məbləği "Dövlət rüsumu haqqında" Azərbaycan Respublikasının Qanunu ilə müəyyən edilir.
digər gömrük ödənişləri.
Gömrük ödənişlərinin hesablanması üçün malların gömrük dəyərindən istifadə edilir.